一、没有科学的配色方案
数码印花是通过电脑控制输出色彩的，而电脑显示屏上所反映的色彩与喷印的色彩模式是不一样的（显示屏色彩是RGB模式，而喷印色彩是CMYK模式），这就需要一个调色过程。而现在的调色主要是凭人工经验进行，没有科学的配色方案。

二、上浆工艺滞后
码印花在喷印前，所有的织物都要先上浆，来防止墨水的渗化。这涉及到两个大难题：一是用什么助剂上浆，二是用什么设备上浆。如果上浆时出现“纬斜”、“皱印”、“不均匀”、“不平挺”，喷印时就会产生“渗开”、“逃布”、“色不匀”等问题，次品率非常高。

三、正反面色差大
数码印花是按需给墨，消耗的墨水量相对较少，在水洗时可以节水节能。但是正因为如此，墨水只能停留在织物表面。这样就产生了两个问题，一是正反面色差严重，类似围巾或要做渗透印花的，就无法达到要求；二是由于正反面色差严重，比较疏松的织物，只要经过摩擦或缝纫时，就会产生反面没有颜色的丝（或纱）翻到正面来，俗称“反丝”。这样的结果，大大地影响了织物的外观，无法被消费者接受。